《屠杀器官》的舞台将设定在赛拉耶佛核爆后的地球，此时部分落后国家爆发了一连串内战及民族冲突，在这血腥风暴之中，美国特殊情报部队「克拉维斯（クラヴィス）」发现了在阴影之下有一名叫「约翰?保罗（ジョン?ポール）」的美国人参与其中，约翰路过之处必定掀起腥风血雨，这让众人疯狂的 「屠杀器官」到底是什么？

故事发生在一座名为堕天城的城市之中，它夹在天堂和地狱之间，是一座充满了危险和奇遇的城市。近日来，城市里出现了邪恶的恶灵，他们依靠袭击市民们为生，这令市民们人心惶惶人人自危。                  

　　故事发生在天之御船学园一年级七班内，这是一个十分特殊的班级，这里汇聚的，是背负着“负之业”的不幸少女们。虽然一辈子都没走过运但依然对生活充满了希望的花小泉杏（花守由美里 配音）、陷入了绝对不会有结果的单恋之中的云雀丘琉璃（白石晴香 配音）、体弱多病，常年缠绵病榻的久米川牡丹（安野希世乃 配音）、

　　在一次交通事故中，小林哲平（寺岛拓笃 配音）永远失去了双亲，这时，外祖父有马一心（若本规夫 配音）出现在了哲平的面前，他希望哲平能够成为他的继承人，继承庞大的有马集团。为了成为一个有担当的男人，也为了替父母报仇，哲平搬进豪宅，入驻贵族学院秀峰学园，发誓要成为一个大家都能看得起的上流社会精英。　　

　　故事发生在七森中学中，茶道社因为人气不佳最终面临闭社的悲惨命运，单纯天真懵懂无知的赤座灯里（三上枝织 配音）、开朗热情的暴走少女岁纳京子（大坪由佳 配音）、沉默寡言但却是吐槽担当的船见结衣（津田美波 配音）和看似可爱人畜无害实则十分腹黑的吉川千夏（大久保瑠美 配音）四名女生占据了茶道社的活动教室

　　故事发生在一个名为NewWorld Online的大型多人在线虚拟现实游戏中，在友人的推荐之下，从来没有玩过游戏的菜鸟少女梅普露（本渡枫 配音）第一次踏入了游戏世界之中。因为缺乏游戏常识，在最初的技能点分配中，梅普露将所有的技能点都点在了防御上，因此在误打误撞之中成为了无论怎样的攻击也无法给她造

　　安昙小太郎（千叶翔也 配音）出生在一个传统的日本家庭之中，个性细腻而又温厚的他自幼喜欢读书，暗中希望能够成为一名作家，总而言之是班级中并不起眼的存在。水野茜（小原好美 配音）是田径部的种子选手，个性开朗活泼全身上下散发着积极的光芒。这样性格迥异的两人，其生命轨迹被命运推动着联系到了一起。　　成熟

　　冈山乡下出身的樱衣乃为了成为偶像而来到东京，原本憧憬大都会生活的话来到的却是也如同乡下的东小金井。在这里她同一间事务所的没人气的童星‧关野露子，没人气的音乐家‧贯井羽优以及没人气的模特儿‧前原仁菜组成了偶像团体「水果塔」，但是立刻就面临了宿舍即将拆除的危机，为了拯救宿舍她们决定挑战经纪人‧梶野穗

　　纱仓响（法伊鲁兹·爱 Fairouz Ai 配音）是一个对美食非常热衷的女子高中生，从来没有考虑过饭量和身材之间的关系的响，因为某一天被朋友说长胖了而整个人生都受到了颠覆。夏天眼看着就要来了，不能再这样下去了！纱仓响决定开始健身，而仅凭一己之力想要坚持下去是很不容易的，于是，纱仓响来到了健身房。

　　故事发生在未来的世界之中，彼时，人类已经可以在日常生活中使用少量的魔法月白瞳美（石原夏织 配音）是拥有着魔法使血统的魔族末裔，虽然能够使用魔法，但是在生活里月白一直都对此十分回避。月白自幼患有色觉障碍症，无法看到颜色，生活在黑白世界中的她因此性格也十分的压抑和冷漠。祖母非常担心月白的未来，于是施