本片是以神木高中“古典部”为舞台，围绕四个部员折木奉太郎、千反田爱瑠、福部里志、伊原摩耶花展开的校园推理剧。神木高中一年级生折木奉太郎是一个“节能”主义者，他信奉“不必要的事不做，非做不可的事就尽快解决”，过着“灰色”的高中生活。不参加任何社团的他，却因为姐姐的拜托而加入了濒临废部的“古典部”。

　　在一次偶然中，个性有些懦弱的善良男孩嘉和骑央（田村睦心 配音）遇见了一位长有猫耳和猫尾的奇特少女。少女自称爱丽丝（伊藤加奈惠 配音），此行来到地球为的是和日本政府联络感情，可是外表天真可爱性格又有些迷糊的爱丽丝却把大部分的时间都花在了游玩上面。　　某些邪恶的神秘组织向爱丽丝发起了攻击，骑央责无旁

　　D.C.的53年之后，粉红色的樱花绽放的小岛，无数的樱花在空中飞舞,终年不绝。整个岛都覆盖在粉红的花海里,时间是冬季。 地面有厚厚的积雪,空中飘着纯白的雪花。这是一个吐出的气会变成白雾,让人不想从被窝里出来的季节。义之看着像在春天里盛开的樱花树，总感觉到有什么东西改变了，遥望着慢慢飘落的樱花，少

　　樱花静静的飞舞着。　　浅粉色的樱花终年绽放的岛。　　——冬季。　　地表微镀着银色的霜花，空中飘舞着纯白的结晶。　　连吐出的气息都是白色的，起床也需要下很大的决心。　　虽说如此——　　“此处的樱花仍是这样绽放着……”　　走在开满樱花的上学路上的少年义之说道。　　“永不凋零的樱花是初音岛的特色嘛”　

　　故事讲述孙策伯符带领着南阳学院一行人前往京都展开”集锷旅行“，而在京都戴着”刀之锷“的继承了战国武将之魂的全新斗士等待着他们，一场以京都地区为舞台的全新战斗即将展开。剧情与动画正篇并没有太大关联，是类似于番外的一集。

　　这个世界上存在着异形之物，其姿态千变万化，即为“妖梦”，以除去妖梦为业的，即为异界士。本作主人公神原秋人（KENN 配音），看起来是个普通的高二男生，实际上是由人类和妖梦结合而诞生的“半妖”。拥有不死之身的他，于某个黄昏，在校园天台遇见一名想要跳楼的少女栗山未来（种田梨纱 配音），出乎意料的是，

　　POLYPHONICA是一个被称为“精灵”的生命也存在的异世界。与地球上存在的世界同属于平行世界，从地球被POLYPHONICA大陆传唤的人类也在这个世界生活。POLYPHONICA大陆的科学水平是地球的现代～近未来的水准，与地球现代科学产物同样的东西也基本存在以外，所谓的未来城市也一样存在。与

　　距圣诞节仅有8天时间，SOS团在凉宫春日的号召下，不出意料地策划了一场圣诞狂欢派对。但就在12月18日这天早晨，阿虚却发现周围的世界有了些许变化。1年9班消失不见，朝比奈学姐视其形同路人，甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面，而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时

　　“我对普通的人类没有兴趣。你们之中要是有外星人、未来人、异世界来的人、超能力者，就尽管来找我吧！以上。”这位就是在开学的自我介绍中，发言惊爆的凉宫春日。对于平淡无聊的日常生活无法忍受的她，创立了一个不可思议的社团——让世界变得更热闹的凉宫春日的团，通称SOS团。　　虽然同班同学阿虚、寡言读书少女

　　延续TV版的主线剧情，继续讲述从战场回来的少女薇尔莉特·伊芙加登为了理解“爱”的含义而从事为有需要的人们写信传情的工作。薇妹一直挂念的少佐的下落大概率会在这部剧场版中讲述。